WGS-All

核心能力

一个镜像包含全部工具和参考数据，目标机器零配置直接跑

🧬

三套参考基因组比对

BWA-MEM 比对到 hg38、hg19 (hs37d5) 或 T2T (CHM13v2)。自动资源规划，支持安全模式防 OOM。

📦

EIGENSTRAT 数据集

pileupCaller randomHaploid 标准古 DNA 方法。支持 1240K / 2M AADR 位点集，一键交付 hg19 坐标。

🌳

Y 单倍群 (Yleaf v4)

最新 v4.0.2 版本，支持 ISOGG / YFull / FTDNA 三大树。古 DNA 模式，QC 评分。

🧫

MT 单倍群 (Haplogrep3)

PhyloTree 17 Forensic Update，从 chrM VCF 直接判定母系单倍群。

🧮

28 个祖源计算器

E11, K13, K36, K47, HarappaWorld, globe13... 从芯片格式直接计算祖源成分比例。

📊

群体遗传工具链

smartpca (PCA)、qpAdm (祖源建模)、PLINK、ADMIXTURE、mergeit、convertf 全套就绪。

💾

11 种芯片格式

23andMe / AncestryDNA / FTDNA / MyHeritage / LivingDNA，可上传 GEDmatch 等平台。

🔍

BAM 自动识别

读取 BAM header 自动判断参考版本 (hg38/hg19/T2T)，无需手动指定。

🌍

G25 距离计算

与 10927 个现代人群 + 1003 个古代样本比较遗传距离，找到最近的人群。

📄

HTML 报告

一页纸总结全部分析结果：Y/MT 单倍群、祖源成分、数据产出。可直接发给客户。

🐳

零依赖部署

单个 tar 文件，docker load 即用。全部参考数据内置，无需联网。

快速开始

三步搞定

        # 1. 加载镜像

        docker load < wgs-all.tar.gz

        # 2. 比对 (hg38 / hg19 / T2T)

        docker run --rm -v /data:/data wgs-all align SAMPLE R1.fq.gz R2.fq.gz

        docker run --rm -v /data:/data wgs-all align-t2t SAMPLE R1.fq.gz R2.fq.gz

        # 3. BAM → EIGENSTRAT 交付数据集

        docker run --rm -v /data:/data wgs-all bam-to-eigenstrat \

            --bam /data/SAMPLE.bam --deliver-hg19 -o /data/out -n dataset

        # Y 单倍群

        docker run --rm -v /data:/data wgs-all analyze-y /data/x.chrY.bam -o /data/out --tree isogg

        # 祖源计算器

        docker run --rm -v /data:/data wgs-all admixture-calc /data/x_23andMe_V5.txt -c E11,K36

        # G25 距离计算

        docker run --rm wgs-all g25 --coords "0.02,-0.015,..." --top 20

        # 查看全部命令

        docker run --rm wgs-all help

内置工具

工具	版本	用途
BWA	0.7.19	序列比对
samtools	1.16	BAM 处理
bcftools	1.16	变异检测 / VCF 处理
pileupCaller	1.6.0	古 DNA 基因型抽取 (randomHaploid)
Yleaf	v4.0.2	Y 染色体单倍群判定
Haplogrep3	3.2.2	线粒体单倍群判定
PLINK	1.9	基因组数据格式转换
ADMIXTURE	1.3	祖源成分估算
smartpca	v16000	主成分分析 (PCA)
ADMIXTOOLS	5.1	qpAdm / qpDstat / f-statistics
admix	28 models	祖源计算器 (E11/K13/K36...)